首先，人體就像其他事物一樣是由分子組成，分子是由原子組成，而原子組由核子和沿著軌道圍繞核子的電子組成，一開始原子和分子都呈現穩定狀態，如果分子失去一個電子或吸入一個多餘的電子，就變得不平衡和具高度的反應能力，成為所謂的「自由基」。

自由基對分子而言是不穩定的狀態，因此這個分子會極力由其他分子奪取一個電子以恢復其平衡，自由基「奪取電子」對人體造成傷害，因為自由基「偷來」的電子可能原本存在正常健康的細胞中，自由基由健康的細胞中取得電子，傷害了原本健康的細胞，也損害人體正常運作。

氧原子有十六個電子圍繞核心的十六個質子，這時候呈現中性（穩定狀態）；氧在分子狀態時也很穩定，和另一個氧原子或其他原子結合，共享外圍電子，形成化合物。然而，穩定的分子失去一個電子的時候，變成正電，不穩定且反應激烈，這種分子就是自由基。人體內的自由基因為失去一個電子，會想要從其他分子搶奪一個電子來穩定自身結構，可是，它可能從原本穩定的分子搶走電子，造成另一個不穩定的自由基，週而復始，分子不斷搶奪電子，這個過程使脂肪腐敗，我們體內的脂肪（例如：眼球晶狀體的脂肪）也不例外。分子很自然地以此方法尋求穩定，但是對人體運作則不是自然的狀態，在體內，這些反應激烈的正電分子搶奪負電求取平衡，在細胞膜上形成破洞；擾亂蛋白質、脂肪、核酸的結構，造成DNA突變。自由基可以和人體內所有的結合，日本科學家預估平均每個人體細胞每天約受到一、二萬個自由基攻擊！

因為人體細胞無法應付每天一、二萬個自由基的攻擊，超過體內抗氧化系統的負荷，自由基就有機會對人體造成傷害。

在人體正常新陳代謝的過程中，自由基會自然產生並氧化，那多出來的幾千個自由基是從哪裡來的？非天然的化學成份日積月累造成毒性污染，以下物質可能引起體內穩定分子產生有害的化學反應：酒精、藥物、石化物質、廢氣、抽煙、殺蟲劑、化學治療、情緒壓力、輻射和酸雨等等，也有可能是食物在處理或烹煮時產生，現在你應該知道自己對身體需要的無知有多危險，繼續下去就是讓自己的身體提前老化（腐敗）、分解、死亡！

小分子能量π水因為能夠源源不絕地供應電子，所以可以有效清除自由基，水分子能量π水中含有二價三價鐵鹽，可以將含有氫硫酸鹽，微量元素的小分子團分解為新生的氫和氧。就生化科學的觀點而言，０－代表新生的單氣，尚未進入生化反應的狀態，自由基是帶正電的離子；０＋代表單氧或氧分子，水分子能量π水分解的新生氧帶負電，所以會產生兩種情況：（一）新生氧給自由基一個電子（二）新生離子帶負電，被自由基離子的正電吸引，結合形成純氧Ｏ２，再加碳結合成為二氧化碳。簡單地說，新生氧給自由基電子或自由基結合形成純氧分子（Ｏ２），藉此中和危險的自由基。

小分子能量π水可以提供電子，自己卻不會變成自由基，它將人體內有的水分轉換為多餘的電子，供應源源不絕的電子，防止自由基向健康的細胞「偷竊」電子，直接消除自由基對身體器官的傷害，達到預防疾病，消除慢性病。